Несколько лет актриса живёт с заболеванием, которое врачи сначала диагностировали как онкологическое. Точного диагноза в её истории болезни нет.
Первые симптомы недуга Елена почувствовала ещё во время обучения в институте — она мучалась от сильных головных болей. Затем она начала проходить лечение, ей вкалывали много препаратов.
«В итоге мне не поставили диагноз, его просто не смогли определить», — заявила Ксенофонтова.
Сейчас актриса живёт со своим недугом, регулярно проходя терапию, чтобы облегчить симптомы. Она научилась принимать приступы и воспринимает их прагматично. Даже дети Елены, сын Тимофей и дочка Софья не знают, что их мама страдает от заболевания. Иногда артистка им сообщает, что хочет побыть одна и на некоторое время изолируется. Ксенофонтова не хочет пугать наследников, поэтому держит в тайне от них симптоматику болезни.